本校於民國95年8月1日獲教育部通過改名為「元培科技大學」，為因應教育環境變化及邁向卓越科技大學之路，已於103年8月更名為「元培醫事科技大學」，下設「生醫科技學院」、「健康科學學院」與「管理學院」等三學院。在99學年度因應學校組織改造將「生醫科技學院」更名為「醫事科技學院」，「健康科學學院」更名為「健康學院」、「管理學院」更名為「管理暨語文學院」，另新增設「福祉科技學院」，共計4個學院。在102學年度將性質相近的「醫事科技學院」與「福祉科技學院」做組織調整改名為「醫護與福祉學院」，並於106學年度改名為「醫護學院College of Medical Technology and Nursing」。

本學院設院辦公室，並置院務會議，為院務最高決策會議，依據院組織辦法，另置院教評會、院課程委員會及其他相關委員會。下轄教學單位醫學影像暨放射技術系(所)、醫務管理系(所)、高齡福祉事業管理學士學位學程、醫學檢驗生物技術系(所)、護理系(所)、生物醫學工程系(福祉科技與工程研究所)、寵物保健系與視光系等一學位學程七系五所。